Sporazum će uticati na ubiranje carinskih prihoda, budući da se za većinu robe koja se uvozi iz EU-a smanjuju ili ukidaju carine.

Zavisno o vrsti proizvoda, carinske stope će se smanjiti na 90 posto, 75 posto ili 50 posto od sadašnjeg iznosa,a za neke proizvode će se potpuno ukinuti.Kako je kazao portparol Uprave za indirektno oporezivanje BiH Ratko Kovačević, izvršena je prilagođavanje informacionog sistema i obuka carinskih službenika.

Nakon što su odredbe Sporazuma, koje se odnose na trgovinu, transport i pojedina pitanja unutrašnjeg tržišta, stupile na snagu, ostale njegove odredbe stupiće na snagu nakon njegove ratifikacije u Evropskom parlamentu, parlamentima država članica, kao i parlamentu BiH, za šta je, prema dosadašnjoj praksi, obično potrebno oko dvije godine.